تم إنشاء إدارة المحاكم الدانماركية كمؤسسة مستقلة في الأول من يوليو عام 1999، وهي تعمل على ضمان إدارة سبل التمويل والعاملين والمنشآت التابعة لكل من المحاكم ومجلس قبول الاستئنافات على نحو ملائم وسليم.
يترأس إدارة المحاكم الدانماركية مجلس محافظين ومدير. وتتبع هذه الإدارة وزارة العدل، إلا أن وزير العدل لا يتمتع بأية صلاحيات توجيهية نحوها ولا يجوز له تغيير أي من قراراتها.
إن مجلس المحافظين يعد المدير التنفيذي والمسؤول بوجه عام عن أنشطة إدارة المحاكم الدانماركية. ويعد المدير، الذي يتم تعيينه في منصبه وعزله عنه من قِبل مجلس المحافظين، مسؤولاً عن العمليات الإدارية اليومية. ولا يُشترط أن يكون هذا المدير حاملاً لشهادة في القانون.
يتم تأليف مجلس المحافظين الخاص بإدارة المحاكم الدانماركية بموجب قانون إدارة المحاكم الدانماركية. ويتألف مجلس المحافظين من 11 عضوًا، ثمانية منهم ممثلون عن المحاكم ومحامٍ واثنان يتمتعون بخبرات إدارية واجتماعية خاصة.